作為明末清初的文壇領袖，錢謙益詩文學問成就可謂是傲視明清兩代，其“通經汲古”的虞山之學對后世的影響尤其深遠。后人在評價錢謙益時的爭議，主要在其降清、仕清，認為他的茍且求生跟劉宗周等以身殉國的名臣大儒相比有云泥之別。

當然也有學者認為，入清后錢謙益其實是不合作的。比如順治三年（1646年），他即稱病歸鄉。兩年后他被黃毓祺反清案牽連入獄。出獄后他又與黃宗羲、李定國、鄭成功等暗通款曲，甚至還有他曾私下策反降清武將、資助鄭成功的說法。這些事情是否屬實，其實并無定論。但多年以后，從乾隆帝下詔編撰《貳臣傳》時，稱錢謙益“降附后潛肆詆毀”這種說法里，能感覺到乾隆帝的憤怒與痛恨主要是針對錢謙益的態度與詩文的反動，因此不但將其列入為降清失節者立傳的《貳臣錄》，還下令刪禁其著作。

亡國之痛，對于錢謙益這樣有政治理想的文人而言當然是深重的。但給他的精神上帶來更徹底的毀滅性打擊的，則是順治七年（1650年）初冬之夜，其居住兼藏書的絳云樓毀于火災。據其撰寫的《絳云樓書目》記載，各類書籍共計3300余種。其中宋版、元版的珍本善本，從其《絳云樓題跋》中可知即有265種。比如珍貴無比的宋版《漢書》和《后漢書》，據說當初王世貞是賣了一座莊園才換得的，而錢謙益則是花了1200多兩黃金才購得。據錢謙益回憶，火災當時，四鄰都來幫助救火，其中不乏趁火打劫者，因此被焚毀的書雖多，但被順走的書也不在少數。更令錢謙益痛苦的，是后來有些珍本流入了市場，購得者攜書拜訪他，出資請他鑒定，而當時受困于生計的他又不得不接受這個殘忍的活兒，此中痛苦已無法用言語表達。

近年來研究錢謙益的著作里，以香港中文大學教授嚴志雄的《牧齋初論集》為著名。其對錢謙益生平的研究梳理之深入，對時世人文的關系分析之清晰精到，都令人印象深刻。但是，他對于錢謙益心理動機的著意處卻有些偏頗。嚴教授如能用心讀過錢謙益的《列朝詩集小傳》，其思路應不至于陷入臆測誅心的俗套。這部代表錢謙益詩學最高成就的杰作，涉及雖廣卻用筆繁簡有致，尤其是在歸類詩人上的用意深遠——比如將徐渭、公安三袁、湯顯祖歸于同類，并濃墨重筆評述；其對竟陵派以詭怪為新的激烈而準確的批判則更是振聾發聵，即使在今天看來也仍不過時。在某種程度上，嚴教授把錢謙益簡單化了。至少，他沒能真正意識到錢謙益內心的痛苦。